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Pour le mode batch de mysql, voici un lien qui te sera bien utile : http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/fr/batch-mode.html

si tu veux partir d'un .bat, je te conseille de le convertir en .exe à l'aide de l'outil Batch Compliler.

Mais l'automatisation dans ton script batch dépendra fortement du type de logiciel que tu dois installer.
Si ton logiciel est connecté à une base de données (mysql par exemple), il faudra ...